Eines der interessantesten Dinge bei Gimp sind die Layer. Voneinander unabhängige Bilder können ,,übereinandergelegt`` werden.
Dabei hat jeder Layer seine eigene Transparenz, so daß viele interessante Effekte erzielt werden können. Layereffekte werden über den Layers&Channels-Dialog gesteuert:

Das aktive Layer ist mit blauem Balken markiert. Das Auge signalisiert die Sichtbarkeit eines Layers. ,,Angekreuzte`` Layer werden zusammen verschoben. Ein kleines Vorschaubild zeigt jedes Layer. evtl. stellt eine ,,Layer-Mask`` zusätzliche Transparenzfunktionen zur Verfügung. Rechtsklick auf das Layer fördert ein Menü zutage. Unten werden die Grundfunktionen als Buttons bereitgestellt.

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